Jeannot Heinen est né au Luxembourg en 1937. Il a commencé ses études de musique au Conservatoire de Luxembourg avec Edmond Cigrand, Amélie Gonner, Albert Leblanc et Walter Kolneder. Il a poursuivi sa formation à la "Musikhochschule" de Karlsruhe et avec Heinrich Konietzny à la "Musikhochschule" de Sarrebruck. Les cours de perfectionnement auprès de compositeurs tels que Hermann Schroeder et Ernst Krenek, qui le familiarisa avec la musique de l'école de Vienne, se sont avérés décisifs pour son évolution ultérieure.
Heinen a commencé la composition à l'âge de neuf ans et a créé jusqu'à ce jour 486 uvres et adaptations dans pratiquement tous les genres. Son parcours mène des uvres de jeunesse d'influence impressionniste, en passant par le néo-baroque, aux créations de caractère atonal et expérimental. Il est un des représentants clé d'une génération de compositeurs au Luxembourg, où il a contribué de manière décisive au développement de la musique contemporaine. Il a été en 1967 un des initiateurs de l'association Art musical Luxembourg et il est membre de la Société luxembourgeoise de musique contemporaine depuis sa fondation en 1983.
Depuis 1969 Jeannot Heinen vit à Baden-Baden, où il séjourna d'abord pour une période de neufs mois dans la maison de Brahms sur invitation de la Société Brahms. En 1970 il commença à travailler comme documentaliste au "Südwestfunk Baden-Baden", dont il prit la direction du département de documentation musicale un an plus tard. En 1981 il fut admis au conseil de la Société Brahms, au sein de laquelle il a été l'initiateur et puis l'organisateur des symposiums sur Brahms à Baden-Baden. En 1989 il a été membre fondateur de l'association Korrespondenzen Baden-Baden dont le but est la promotion de la musique contemporaine.